农业防治方面，对重病树及枯死枝要及早拔除或剪掉烧毁。对发病较轻的果树，应多施有机肥，以增强树势，提高抗病力。发现树上有子实体时，要及早摘除并深埋。新建或更新果园时，应弄清该果园以前是否有发病史，对重病区可用溴甲烷熏蒸消毒。同时，还要加强对蛀干害虫的防治，减少虫伤。对人为造成的各种伤口，应及时涂药保护，可用1%硫酸铜溶液或波尔多液涂抹伤口。
化学防治方面，伤口涂药保护，有效药剂如波尔多液、1%～2%硫酸铜溶液、2～3波美度石硫合剂等；用无病土或药土覆盖根部。对轻病树或难以彻底找到发病部位的树，也可采用直接灌药的方法进行治疗。
在桃树根朽病的防治中，新建果园时应避开旧林地及树木较多的河滩地、古墓坟场等场所。还要对土壤进行灌水、翻耕、晾晒，以促进残余病残体的腐烂分解。有条件的也可用塑料薄膜覆盖土壤过夏，利用太阳热能杀死病原菌；也可用200倍福尔马林溶液浇灌土壤进行熏蒸杀菌，待福尔马林充分散发后再定植苗木。