黄瓜上常见的病虫害包括真菌病害如黄瓜靶斑病、霜霉病、炭疽病、白粉病、蔓枯病等；细菌病害如细菌性流胶病、角斑病等；病毒病如花叶病毒病；以及虫害如蓟马、白粉虱、烟粉虱、蚜虫、瓜绢螟、螨虫、潜叶蝇等。
黄瓜霜霉病主要危害叶片，幼苗感病时子叶正面出现圆形鲜黄色病斑，盛瓜期达到高峰。叶片初生水渍状病斑，之后扩大连接成大病斑，严重时病叶卷曲呈黄褐色干枯，叶背病斑长出浓密紫灰色至紫黑色霉。
黄瓜炭疽病危害叶片、茎蔓、叶柄、果实。苗期发病时，子叶边缘发生椭圆形褐色病斑，病斑上生出小黑点；高温时幼苗生长点变褐枯萎。叶片染病时，产生油状小斑点，扩大后形成不规则形病斑，后期病斑上长出小黑点；潮湿时流出粉红色粘液；干燥时，叶片中部破裂。果实染病时，果实顶部产生黄褐色梭形或圆形病斑，稍凹陷长出许多小黑点。近成熟时易发病，湿度大时病斑表面溢出红色粘稠物，被害果内部组织半软腐，易干缩，病部呈羊皮纸状。
防治措施包括农业防治如选择耐病品种、种植中或晚熟品种、茬口轮作、清洁田园、加强田间管理；化学防治如在发病初期开始喷药，每隔7-10天喷1次，连续喷1-2次。对于霜霉病，可用多菌灵进行喷洒，加强通风，控制水量；对于白粉病，可使用诺颗粒丰药剂，每隔7天施加一次；对于斑潜蝇，可用黄板诱杀成虫，或者喷洒斑潜净药剂；对于蚜虫，将染病的枝叶全部剪掉，然后喷洒一次氧化乐果溶液。
黄瓜叶斑病是由葫芦科叶点霉引起的，发生在黄瓜上的一种病害。该病为害叶片，病斑褐色至灰褐色，圆形、椭圆形至不规则形，直径0.5-12.0毫米，病斑边缘明显或不十分明显，病部表面生灰色霉层。