柑桔溃疡病主要为害叶片、枝梢、果实和萼片，形成木栓化稍隆起的病斑。病斑大小、形状、色泽因品种而异。在感病品种如甜橙类和柚上，病斑一般较大而隆起，病斑周围的油腻状暗褐色圆圈较狭；在比较抗病的品种如酸橙宽皮桔类和枳上，病斑小而扁平，油腻状圆圈较宽。
叶片染病后，初在叶背产生针头大小的黄色或暗黄绿色油渍状小斑点，接着叶片正反面隆起，呈海绵状，随后病部中央破裂，木栓化，呈灰白色火山口状。病斑多为近圆形，常有轮纹或螺纹状，周围有一暗褐色油腻状外圈和黄色晕环。果实和枝梢上的病斑与叶片上的相似，但病斑的木栓化程度更为严重，山口状开裂更为显著。枝梢受害以夏梢最严重，严重时引起叶片脱落，枝梢枯死。