小麦锈病的发生首要条件是具有菌源，包括外来菌源和本地菌源。锈病孢子通过风力传播，在潮湿天气中，当叶片上有水珠或孢子表面凝有水膜时，适宜条件下孢子发芽并从植株气孔侵入。因此，结露、降雾、下雨等天气条件有利于锈病的发生。
三种锈病对温度的要求不同，导致发病时间不一。条锈菌发芽和侵入的最适温度为9—13℃，叶锈菌为15—20℃，秆锈菌为18—22℃。因此，条锈病通常在春季最早发生，叶锈病次之，秆锈病最迟。
条锈病菌在华北平原无法越夏，小麦收获后，病菌随风传播到西北高寒山区，在晚熟冬麦、春麦和自生麦苗上越夏。