大豆病虫害已发现的有30多种，其中真菌性病害最多，病毒类主要是大豆花叶病毒，线虫病主要为孢囊线虫和根结线虫。危害豆荚的病有：紫斑病、轮纹病、赤霉病、萎枯病、炭疽病、黑痘病。危害豆叶部的有：霜霉病、灰斑病、褐纹病、黑斑病、锈病、白粉病、细菌性斑点病、细菌性斑疹病、大豆花叶病等。危害豆茎秆部病害有：菌核病、黑点病、纹枯病。危害豆根部病害有：立枯病、猝倒病、枯萎病。
防止病害发生，可在引蔓时与病发前，使用50%硫磺粉悬浮剂兑水配备300倍液或40%多硫悬浮剂氯水配置500倍液，或75%菌清可湿性粉剂对水配置700倍液喷洒预防。被害前期，可用25%三唑酮可湿性粉剂对水配置1500倍液，或12.5%腈菌唑乳油兑水配置1500倍液，或62.25%腈菌唑代森锰锌可湿性粉剂对水配置500倍液，或10%苯醚甲环唑水分散化粒剂兑水配置2000倍液，过70%甲基硫菌灵可湿性粉剂兑水配备1000倍液或12.5%烯唑醇可湿性粉剂兑水配备3000倍液，根据病情喷洒预防，一般情况下，每隔七天喷洒一次，连续喷撒2至3次。药剂防治发病初期每亩用50%代森按可湿性粉剂100～150克，或用15%粉锈宁可湿性粉剂50克，加水50～60千克喷雾。重病田隔7～10天再喷1次。