韭菜灰霉病的发生与多种因素相关。首先，栽培密度过大、通风透光不良、偏施氮肥的田块容易发病。保护地春季阴雨连绵、气温低、关棚时间长、通风换气不良，也极易引发病害。其次，灰霉病与棚内温度、湿度密切相关，病菌传播的适宜温度为15-30℃，菌丝生长适宜温度是15-21℃，高温时产生菌核。相对湿度为85%，相对湿度在95%以上时发病严重，低于60%发病较轻或不发病。此外，棚室内忽冷忽热，夜间低温受冻，白天高温、高湿或放底风使韭菜受冻，昼夜温差偏大，夜间叶片凝有水珠，也会加重病情。韭菜品种自身抗病力较差，棚室内的小气候没有得到有效控制，环境恶劣影响韭菜的抗病力，也会导致发病。菜田施肥不足，特别是磷、钾肥料施用不足，也是发病的原因之一。高温高湿、通风不良的大棚种植环境，以及周围种植易感染灰霉病的作物如黄瓜、西红柿，都会增加韭菜感染灰霉病的风险。最后，本地周围的灰霉病菌源传入土壤，或有机肥传入灰霉病，当适宜的气温和湿度时，就会暴发病害。
