菊花黑斑病由链格孢菌引起，主要危害叶片，导致叶片出现圆形或不规则形病斑，严重时叶片枯死。病原菌以菌丝和分生孢子器在病株、病叶和土壤中的病残体上越冬，翌年春暖花开时，分生孢子器溢出大量分生孢子，借风雨传播，主要从气孔侵入。植株生长衰弱、土壤黏重、长期阴雨等容易诱发病害，种苗带菌是造成病害严重的主要因素。
链格孢菌生长最适宜温度为28℃，高温多雨天气发病严重，特别是雨后病情发展迅速。北方地区一般6-10月份均有发生，7-8月份进入发病高峰，9月份以后病情发展比较缓慢。田间种植密度大、通风不良、连作时间长及老根留种均有利于病害发生。气温在24-28℃、雨水多、空气湿度大时有利于病情发展，种植过密或盆花摆放密度大、通风透光不良、连作或老根留种及多年栽培的菊花均有利于病害发生。在中国北方地区，以8-9月发病严重。
链格孢是一种半知菌亚门的真菌，其分生孢子梗和分生孢子在病斑上形成，这些分生孢子可以借助风力和雨水传播，在适宜的条件下，病斑会迅速扩展，导致叶片枯死。此病在菊花整个生长期均可发生，以秋菊发病最重。