菊花锈病主要为害叶片，也可为害嫩茎。发病初期，在叶片上下表面出现浅黄色小斑点，叶背对应处也产生褪绿小斑。以后病部形成隆起的小疱斑，疱斑破裂后，可散出大量黄褐色粉末（夏孢子）。严重时疱斑布满叶面，致叶卷曲枯黄，植株长势不良。发病后期，在叶背或在叶柄和茎上出现深褐色突起，上被有栗褐色的粉状物，即病菌的冬孢子堆。病斑组织最后枯死，受害叶萎谢。菊花染病后生长十分衰弱，不开花或大量落花。叶片上病斑多的，叶缘上卷。病原为担子菌亚门，有菊柄锈菌、堀柄锈菌及蒿层锈菌等3种，常见的为前两种。其中柄锈菌属，冬孢子长椭圆形，棍棒形至纺锤形，黄褐色，顶部圆形成尖突、双细胞，分离处微缢缩，茎部狭窄，表面平滑。
