木瓜在定植之前，要重施基肥，基肥以农家肥和复合肥为主。定植之后，要适当进行追肥，促进幼树的生长。花期时，为了保证充足的肥力让果实吸收，要追施促花肥。花谢以后果实开始生长，需要吸收更多的营养成分，要追施壮果肥，以促进木花果实的膨大。追肥时要避免伤到木瓜根系，一般采用开沟的方式进行追肥。
结果前按抽梢次数，淋粪水、埋猪牛粪。一般年施3次，每次都在抽梢前10天施下，每株每次淋粪水5-15千克或埋猪牛粪10-25千克。结果后根据生产期情况，及时追施花前肥、花后肥、果实膨大肥和早秋基肥。1月中旬施花前肥，每株施复合肥0.25-0.5千克；4月初施花后肥，每株施复合肥0.25-0.5千克；5月份初施果实膨大肥，每株施复合肥0.5-2千克。3次追肥均用磷、钾含量较高的复合肥。早秋期基肥于8月初施，每株施猪牛粪25-50千克加0.5千克复合肥。施肥方法是化肥在树冠周围撒施，松土入肥，稀粪泼浇。离树干30厘米内不要施，以免烧苗。
除了在种植以前给土地施入足够量的基肥以外，还要在幼树生长出来以后，合理的进行追肥，追肥的时候主要是用一些氮肥以及尿素之类的。一般每隔15天左右施肥一次，每次追肥的量不能够太多了，避免因为肥水太多，也会对幼树的生长造成影响。
给木瓜施肥，除了要施用底肥外，在初夏时可适量追施一次尿素，8月初施用一次磷钾肥，秋末结合浇冻水施用一次牛马粪，此次肥应浅施。第二年初春追施一次尿素，秋末施用牛马粪，第三年起每年只需秋末施用一次农家肥即可。对于开始结果的苗子，在果实膨大期前也加强施肥，可喷施0.2％磷酸二氢钾溶液，此法有助于果实膨大，且能有效预防落果。