自棉籽萌动发芽，棉花立枯病病菌即可侵染危害。棉花播种后，种子萌动但还未出土之前，病菌便侵染地下的幼根、幼芽，造成烂种、烂芽。棉苗出土后，首先在接近地面幼茎基部出现症状，起先呈现黄褐色斑点，逐渐扩大，凹陷、腐烂，严重的可扩展到茎的四周，凹陷部位失水过多而呈蜂腰状，最后变黑褐色，棉苗枯死，病斑部位比炭疽病低。病株叶片一般不表现特殊症状，仅仅由于失水而表现枯萎；但也有棉苗受害后，在子叶出现不规则黄褐色斑，最后病斑破裂穿孔。受害棉苗及周围土壤中常有白色的菌丝黏附。多雨年份，现蕾开花期的棉株也可受害，茎基部出现黑褐色病斑，表皮腐烂，露出木质纤维，严重的可折断死亡。感病部位，有时出现瘤状病变。棉种萌发前侵染而造成烂种，萌发后末出土前被侵染而引起烂芽。棉苗出土后受害，初期在近土面基部产生黄褐色病斑，病斑逐渐扩展包围整个基部呈明显缢缩，病苗萎蔫倒伏枯死。拔起病苗，茎基部以下的皮层均遗留土壤中，仅存尖纫的鼠尾状木质部。子叶受害后，多在子叶中部产生黄褐色不规则形病斑，常脱落穿孔。此病发生后常导致棉苗成片死亡。在病苗、死苗的茎基部及周围、土面常见到白色稀疏菌丝体。
