农用链霉素主要用于防治多种蔬菜的细菌性病害。具体包括黄瓜的细菌性角斑病，白菜的软腐病和细菌性叶斑病，番茄的溃疡病、疮痂病和青枯病，辣椒的疮痂病，以及十字花科蔬菜的黑腐病。此外，它还可用于防治大白菜软腐病、水稻白叶枯病、棉花立枯病和瓜果霜霉病等。
