果实顶部出现水浸状病斑，逐渐扩大，颜色变深，呈圆形或不规则形，病部组织变薄，果肉失水、表皮皱缩，后期病斑变黑褐色，病果通常不会腐烂，但会失去商品价值。番茄菌核病的防治方法主要有播种前进行种子处理、土壤消毒；与水生蔬菜、禾本科作物及葱蒜类蔬菜轮作；加强田间管理，及时打老叶、清理残留花朵，收获后彻底清除病残体。在发病初期还可以进行喷药防治，每隔7-10天喷药1次，连续喷2-3次，重病田视病情发展，必要时还要增加喷药次数。
番茄菌核病是由核盘菌引起的、发生在番茄的病害。主要危害茎基部，也能危害茎、叶和叶柄、花、果实和果柄，在幼苗期和成株期均可感病。叶片染病多从叶缘处发病，初呈淡绿色水漫状，后变为灰褐色，并出现白色菌丝；果实发病似开水烫过并着生茂密菌丝，后期果实上出现鼠粪状菌核；茎染病多由叶柄基部侵入，病斑褐色，边缘水浸状，湿度大时着生白色菌丝，后期茎内外均可形成大量菌核，严重时植株枯死。
其防治方法为：深翻，使菌核不能萌发；实行轮作，培育无病苗；及时清除田间杂草，有条件的覆盖地膜，抑制菌核萌发及子囊盘出土。发现子囊盘出土，及时铲除，集中销毁；加强管理，注意通风排湿，减少传播蔓延；棚室采用烟雾法或粉尘法，于发病初期，亩用10%速克灵烟剂250-300克熏1夜，也可于傍晚喷洒5%百菌清粉尘剂，每亩次1公斤，隔7-9天1次；发病初期立即喷药，可选用40%菌核净可湿性粉剂500倍液，或50%速克灵可湿性粉剂1500倍液，或50%扑海因可湿性粉剂1500倍液。植株茎的基部和地面上应喷洒药液。隔7-8天一次，连续防治3-4次。