该病常在生长中后期开始发生，多从植株基部伤口处侵染，初呈水浸状半透明，后病部扩大成不规则形，充满浅灰褐色黏稠物，并释放恶臭气味。病情发展时，病害沿基部向上快速扩展，使整个菜球腐烂。有时病菌也从外叶叶缘和叶球顶部开始侵染，引起腐烂。生菜软腐病主要危害肉质茎、叶球和根茎部：肉质茎染病，初始产生水浸状斑，扩大后病斑不规则形深绿色，发展成褐色，快速软化腐烂；叶球染病，初始在顶部叶片产生水浸状斑，扩大后病部软化腐烂，由深绿色逐步变为深褐色，并可扩散至整个叶球；根茎部染病，初始根茎基部浅褐色，扩大后病部软化腐烂，可深入内部叶片或结球内。
