甜瓜烂瓜主要是高温潮湿引起的细菌性软腐病导致的，首先要加强田间管理、控制田间湿度，然后在初发病时用抗生素和铜制剂田间交替喷雾防治。甜瓜烂果主要是病害导致，软腐病、黑星病、绵疫绵腐病等，果实成熟后遭遇高温也会氧化果实失去食用价值。防治方法包括早期药物预防和控制浇水，合理调控温度以避免发生。
引起甜瓜烂瓜的病害有甜瓜疫病、菌核病、炭疽病、蔓枯病、黑星病等，这些病原菌能够在种子、土壤、植物病残体上存活。多年重茬种植，田间病原菌基数较大，不重视种植工作，种植过密，通风透光不好，或只注意地上部分生长，幼苗定植后浇水过多过勤等都会引起甜瓜烂瓜。