水稻细菌性基腐病主要危害水稻根节部和茎基部，导致病株根节部变为褐色或深褐色腐烂。在分蘖期，病株近土表茎基部的叶鞘上会出现水浸状椭圆形斑，逐渐扩展为边缘褐色、中间枯白的不规则形大斑。剥去叶鞘可见根节部变黑褐，有时伴有深褐色纵条，根节腐烂并伴有恶臭，植株心叶青枯变黄。拔节期发病时，叶片自下而上变黄，近水面叶鞘边缘褐色，中间有灰色长条形斑，根节变色伴有恶臭。穗期发病时，病株先失水青枯，后形成枯孕穗、白穗或半白穗，根节变色有短而少的侧生根，有恶臭味。细菌性基腐病属于细菌性病害，细菌可在病稻草、病稻桩和杂草上越冬，病菌会从叶片上水孔、伤口及叶鞘和根系伤口侵入。
