番茄立枯病的发病部位在根部和根茎基部，可采取药物灌根的方法进行防治。发病初期可选用50%井冈霉素水剂兑水配置1500倍液，或扑海因可湿性粉剂配置1000倍液交替使用，每隔7天灌根一次，连续灌根3至4次。不灌根外，也可选用喷雾药物进行防治，可选用80%利君沙对水配制500倍液，或3%多氧轻水配制600倍液，或20%菌毒克星对水配制700倍液喷雾防治，每隔7天喷施一次，连续喷施3至4次，可达到很好的防治效果。
选择抗病高产良种，加强肥水管理，搞好病虫害监测预警，科学防治病虫害。连阴天千万不可再覆盖遮阳网，保证作物生长所需的光照强度，避免弱光使得光合产物合成的少而造成植株长势弱、果小或不坐果等。
防治方法包括加强苗期管理，使用腐熟的农家肥和多年未种过蔬菜的大田土配制育苗土；苗床注意通风、排湿，控制夜温过高，注意播种密度，防止幼苗徒长；增施磷、钾肥，促进幼苗健壮生长，提高抗病力。药剂防治方面，床土消毒同上面猝倒病的床土处理方法。发病初期，用5%井冈霉素水剂500～800倍液，一般每7天喷洒一次，连续喷洒2～3次。当苗床发现立枯病和猝倒病同时发生时，可以喷洒72%普力克水剂800倍液加50%福美双可湿性粉剂800倍液。喷药时注意喷洒茎基部及其周围地面，7～8天喷一次，连喷2～3次。
此外，采用合格商品基质或用新土育苗，加强苗床管理，提高地温，科学放风，防止苗床或育苗盘高温高湿条件出现。在番茄苗期喷施0.1%~0.2%的磷酸二氢钾或0.05%~0.1%氯化钙等，提高番茄苗的抗病力。在发病前或发病初期，按包装说明浓度喷淋甲霜·嗯霉灵或甲基立枯磷、甲基硫菌灵、扑海因、异菌脲等，隔7～10天视病情防治2~3次。