玉米丝黑穗病的发生与种植感病寄主和土壤菌量密切相关。在播种后至幼苗4-5叶期，土壤的温湿度成为病菌侵染的决定因素，春播、早播、土壤偏干和冷凉山区发病重。玉米播种后，来自土壤、粪肥和种子的冬孢子在适宜条件下萌发，直接侵入幼芽的分生组织，最终形成黑穗。冬孢子萌发后，在土壤中侵染玉米幼苗的最适时期是从种子破口露出白尖到幼芽生长至1—2厘米时。幼芽出土期间的土壤温湿度、播种深度、出苗快慢、土壤中病菌含量等与病害发生程度关系密切。连年重茬连作造成土壤菌源量积累，导致病害逐年加重。玉米丝黑穗病的发生程度与品种的抗病性、土壤中的病菌数量、环境条件有关。不同的玉米品种在同一条件下发病率不同，说明品种间的抗病性有差异。玉米种植至出苗期间的土壤温、湿度条件与发病关系最为密切，一般在土壤温度20℃左右，土壤含水量20-40%时玉米发芽生长迅速，约经6-10天即可出苗。由于玉米出苗快，缩短了玉米幼芽在土壤中的停留时间，从而减少了病菌感染的机会，发病就轻。当土温在15℃左右，土壤含水量低于20%，则不利于种子萌发和生长，出苗缓慢，延长了玉米幼芽在土壤中的停留时间，增加了病菌感染的机会，发病就重。早播和播种过深、种植感病品种、连作地块土壤病菌数量大、春季低温干旱年份玉米丝黑穗病发病重。
