保护地采用烟雾法，在番茄发病初期开始喷洒72.2%普力克水剂800倍液或40%甲霜铜可湿性粉剂、72%克露可湿性粉剂400-600倍液、64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液、10%世高1500倍液、50%扑海因异菌脲（浩瀚高科）1000倍液等，隔7-10天喷1次，连续防治4-5天。在疫病大范围发生时，喷洒农药是防治番茄晚疫病最有效的方法，但要注意喷洒药液要及时、周到，以防为主。烯酰·吡唑酯水分散粒剂（6.7%吡唑醚菌酯+12.3%烯酰吗啉），烯酰吗啉是专一杀卵菌纲真菌吗啉类内吸性杀菌剂，其作用特点是破坏细胞壁膜的形成，对卵菌生活史的各个阶段都有作用。吡唑醚菌酯为线粒体呼吸抑制剂，具有保护、治疗、叶片渗透传导作用。该配方是防治疫病、晚疫病的优秀配方，发病初期，每亩用75-125克，兑水30-50公斤均匀喷雾防治，可有效快速控制病害的危害和蔓延。
番茄晚疫病农业防治。选用抗病品种。与非茄科蔬菜实行3-4年轮作。选择地势高燥、排灌方便的地块种植，合理密植。宜用滴灌，及时排水。加强通风透光，及时放风，避免叶面结露。合理施用氮肥，增施钾肥。彻底清除病株、病果。发现中心病株，除去病叶、病枝、病果或整个病株，深埋或烧毁。发现发病中心时立即喷药，每隔7-10天喷药1次，药剂可选用霜脲．嘧菌酯、氨基寡糖素、酮．氟噻唑、烯酰．唑嘧菌、丁吡吗嘛。