辣椒枯萎病是一种由真菌引起的病害，其病原菌为辣椒镰孢霉，属于半知菌亚门。该病菌主要通过厚垣孢子在土壤中越冬，并能进行长时间的腐生生活。病菌通过灌溉水传播，从辣椒植株的茎基部或根部伤口、根毛侵入，进入维管束，堵塞导管，导致叶片枯萎。
在高温高湿的环境下，辣椒枯萎病的发病情况尤为严重，特别是在夏季阴雨天后，病情发展迅速。土壤条件如潮湿、黏重、微酸、排水不良，以及多年连作和偏施氮肥都会增加病害的发生风险。此外，根结线虫的为害也会加剧病害的发展。在地膜覆盖、温室大棚和深植条件下，病害更容易发生。
辣椒枯萎病菌对辣椒具有较强的寄主专一性，尖孢镰刀菌以厚垣孢子形式在土壤中可存活6-8年，在种子中可存活5年以上。因此，土壤中越冬的病残体、种子或混有病残体的肥料通常是该病的初侵染源。田间积水和偏施氮肥的地块发病更为严重。