冬瓜枯萎病由菌丝体或厚垣孢子随病残体在土壤中越冬，成为初侵染源。厚垣孢子在土中可存活5-10年，萌发后先长芽管，从根部伤口或根冠细胞间隙侵入，地上部重复侵染主要靠灌溉水；地下部当年很少重复侵染。种子带菌和带有病残体的有机肥，是无病区的初侵染源。在带菌土上培育的冬瓜或节瓜苗发病重；土温15℃以上始发，20-30℃盛发；土壤过分干旱、重茬、根结线虫及地下害虫为害发病重。病菌主要以厚垣孢子和菌丝体随寄主病残体在土壤中或以菌丝体潜伏在种子内越冬。病菌经土壤或随灌溉水、昆虫传播蔓延，种子也可带毒。病菌可从根毛、幼根及伤口侵入。
形成的原因包括：①连作年限越长，土壤中的病菌积累越多，发病越重，所以枯萎病的发生与冬瓜的连作年限成正相关，老菜区比新菜区重。②在带菌土上育苗，幼苗容易感染，发病早且重。③土质粘重、地势低洼、灌溉排水不良、土壤冷湿、耕作粗放，对根系发育不利，枯萎病发生重。④地下害虫、线虫为害，容易造成根的伤口，所以地下害虫多的土壤，发病较重。⑤施肥不足、缺乏有机肥及过多偏施氮肥、施用未腐熟的基肥，发病重。⑥与品种、种质有关，易感品种发病重。