番茄早疫病的防治方法包括选育抗病品种和加强栽培管理为主，配合化学防治的综合措施。农业防治方面，应施足基肥，适时追肥，或使用蔬菜专用肥，合理密植，及时绑架、整枝和打底叶，利于通风透光。保护地番茄重点抓生态防治，控制温、湿度。化学防治方面，可喷施代森锰锌、杀毒矾、百菌清、甲霜灵锰锌。也可用代森锰锌或百菌清，于发病后，涂抹茎秆病部。如果茎基部布满黑褐色病斑，可用高锰酸钾灌根。此外，根据番茄需肥需水特性，合理补充肥水保证番茄健康生长进而提高番茄抵抗早疫病的能力，使用植物免疫激活剂如极细链格孢激活蛋白可以有效激活番茄体内免疫系统，进而由内而外的提高番茄抵抗早疫病的能力。
