芹菜在整个生育期需要大量氮素肥料，追肥要以碳酸氢铵为主，少量多次，一般需追肥2-3次。若土壤缺硼，每亩需施硼砂0.5-0.75公斤，防治叶柄破裂，影响实用价值。喷施0.2%-0.4%的氯化钙溶液，可防止黑心病的发生。
芹菜不宜追施尿素，因为追施尿素后，生长反而缓慢，纤维素增多，植株容易老化，品质降低，食时带有苦味。要追施经过沤制的充分腐熟的有机肥，因为施用有机肥可提高芹菜品质。但没有腐熟的农家有机肥，不可作追肥施用，以免引起烧蔸烂根，芹菜施用有机肥后植株生长柔嫩粗壮，纤维减少，品质和产量大大提高。
一般在种植后的第一次浇水是在种植后的10-15天内，并需要及时追肥，这个时候的追肥主要以碳基肥为主。当芹菜进入生长旺盛期时，就需要进行第二次追肥了，这次要以氮肥为主，不可以选用未腐熟的农家肥进行施肥，这样会造成芹菜得烂根或者烂心，浇水则按“少水多浇”的方法进行浇水。如果田间出现杂草还需要及时除草，避免杂草跟芹菜进行养分的争夺。