小麦纹枯病从播种发芽后就开始侵染芽鞘变褐色，随后烂芽、枯死不能出苗；发生在3—4叶期，初期在叶鞘上出现中间灰色四周褐色的病斑；随着小麦的生长病斑呈椭圆形云纹状；灌浆期病斑失水坏死，易造成倒伏，产生白穗。病斑有明显的边界。该病是一种典型的土传病，也可以通过种子传播；是一种复合侵染性真菌性病害，主要由假禾谷镰刀菌，黄色镰刀菌和燕麦镰刀菌多种病原菌侵染致病。病原菌一般从根部和根茎结合部侵入，侵染小麦主茎和分蘖茎，小麦茎秆部出现褐色病斑，然后随着小麦的生长发育扩展至茎基部，灌浆期出现白穗、瘪粒严重影响小麦产量。在江苏徐淮地区大面积种植易感病，偏春性的品种是小麦基腐病发病的主要原因。春性品种小麦在该地区拔节早，如遇低温寒流天气，小麦拔节嫩茎受冻，抗病能力下降，有利于基腐病菌侵染。连作麦田发病重，小麦连年种植，土壤中的菌源逐年增加，为侵染循环创造了条件。
小麦茎基腐病是小麦生产中一种典型的土传病。假禾谷镰刀菌和禾谷镰刀菌主要以菌丝体的形式存活于土壤中或病残体上，黄色镰刀菌和根腐离蠕孢菌以厚坦孢子或分生孢子长期存活于土壤中或病残体上。病残体中的镰孢菌丝体在土壤表面萌发，病原菌一般从根部和根茎结合部侵入，侵染小麦主茎和分蘖茎，然后随着小麦的生长发育扩展至小麦茎基部。该病具有多次侵染特点。最早通过衰败的芽鞘侵入地中茎，向上扩展到分蘖节；小麦返青后，病菌向上扩展，在茎基节间形成茶褐色病斑，麦苗生长缓慢，严重时开始死亡；小麦灌浆期造成茎基部分蘖节处枯死，上部茎叶和穗得不到水分而死亡，出现枯白穗，田间拨除时极易从基部折断。
小麦茎基腐病主要危害小麦主茎和分蘖茎，病原菌多从衰败的芽鞘侵入地下茎内，向上扩展至分蘖节，随着病情的发展，病斑逐渐扩展至小麦茎基部。造成幼苗茎基部叶鞘和茎秆变褐，严重时引起麦苗发黄死亡，春季返青后，病斑向上扩展，在茎基部节间形成茶褐色的病斑，拔节抽穗期，感病植株茎基部变为褐色，田间湿度大时茎节处可见红色霉层，小麦抽穗后逐渐显现，表现为植株矮化，萎焉、青枯、和干枯，灌浆期典型症状为白穗，籽粒秕痩或无粒，茎基部为黑褐色腐烂。小麦茎基腐病基部1~2节叶鞘和茎秆受侵染，严重的第3节叶鞘也受害，根茎基部叶鞘颜色逐渐为暗褐色，节间受侵染变褐、易折断，严重染病的田块陆续出现死苗。通常第一叶鞘发病严重，第二叶鞘次之，并逐渐向上发展。还能侵染小麦叶片，在叶片上出现褐色病斑，有的病斑轮纹状，与小麦纹枯病云纹斑症状很相似，后期会导致叶片发黄干枯。小麦茎基腐病呈现逐年加重趋势，由零星病株，扩展为成片发病，再扩展为连片发病。小麦茎基腐病型症状主要表现为在小麦抽穗后茎基部第1～2节变褐腐烂，最初在基部茎节叶鞘上产生褐色条斑，病斑扩大、联合、入茎，由下而上引起基部第一节褐腐，严重的可扩展到小麦基部第2～3节，并引起旗叶干尖和白穗，由于病原菌侵染根系引起麦根变褐腐烂，整株易被拔起。