西瓜枯萎病的典型症状是萎蔫，整个生育期均可发生，但以开花坐果期发病最重，常引起瓜秧枯萎死亡。出苗期发病，幼苗茎基部变褐缢缩，下部叶片变黄猝倒而死，剥开病部放大观察，可见幼嫩组织变淡褐色。苗期发病，叶色变浅，逐渐萎蔫，严重时幼苗僵化枯死。成株期发病初期，叶片由基部向顶部逐渐萎蔫，似缺水状，晴天中午更为明显，傍晚逐渐恢复，叶面不产生病斑。数日后，瓜秧叶片萎蔫下垂，病株茎基部表现矮缩，表皮粗糙、纵裂。若环境条件有利于病害发生时，病势发展急剧，出现“半边枯”现象。发病初期，植株叶片从基部向顶端逐渐萎蔫，中午明显，开始早晚可以恢复，几天后植株全部叶片萎蔫下垂，无法恢复。茎蔓基部稍缢缩，表皮粗糙，常有纵裂。潮湿时根茎部呈水渍状腐烂，表面经常产生白色或粉红色的霉状物。病株根变褐色，易拔起，皮层与木质部易剥离，维管束变褐色。
