(1)清除病残体:收获后期彻底清除病株残体，土壤深翻20厘米以上，将土表遗留的病残体翻入底层，喷施土壤消毒剂加新高脂膜对土壤进行消毒处理，减少棚内初侵染源。苗期、瓜膨大前及时摘除病花、病瓜、病叶，带出大棚、温室外深埋，减少再侵染的病源。
(2)加强栽培管理:加强通风换气，浇水适量，忌在阴天浇水，防止温度过高;注意保温，防止寒流侵袭。高温季节在大棚、温室内深翻灌水，并将水面漂浮物捞出，集中深埋或烧掉，保持大棚、温室清洁。
(3)控温法:调节温湿度，控制病菌侵染。室内温度提高到31~33℃，超过33℃开始放风，下午温度维持在20~25℃，降至20℃时关闭风口，使夜间温度保持在15~17℃。
(4)药剂防治:用50%速克灵可湿性粉剂2000倍液，或50%扑海困可湿怡粉剂1500倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，每隔7~10天喷雾一次，连续喷雾2~3次。灰色疫病会影响黄瓜收成，所以在黄瓜种植中，应深翻土壤，并选用抗病品种进行种植，生长中配方施肥，增强植株抗病力。发病后及时喷施甲霜灵加代森锌溶液进行防治。