茄子褐纹病的防治方法包括农业措施和药剂防治。在农业措施方面，应选用抗病品种，避免与茄科作物连作，选择排水良好的沙质壤土，施足底肥，及时摘除病老叶并集中处理，雨后及时采收并清理病果。播种前可用55℃水浸种10-15分钟，或用福尔马林浸种15分钟后清水冲洗催芽播种。实行与非茄科作物2-3年轮作，合理密植，及时整枝打杈，提高通风透光性。
药剂防治方面，播种时每平方米用50%多菌灵和50%福美双可湿性粉剂各10克混合细土2公斤制成药土，播种前后撒施。苗期发病可喷施50%克菌丹或60%福美锌500倍液。定植后可在茎基部撒施草木灰或石灰粉。结果期可喷施40%福星5000-6000倍液、80%新万生可湿性粉剂500-800倍液、万霉灵可湿性粉剂500-800倍液或43%福力库4000倍液，每隔7-10天喷1次，连喷2-3次，交替使用以防抗药性。发病前或雨季来临前喷药预防，发病后摘除病果病叶，7天左右喷药一次，连续2-3次。药剂可选1∶1∶160波尔多液、50%甲基托布津1000倍液、50%克菌丹500倍液、72%杜邦克露可湿粉剂800-1000倍液、58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液、64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液。设施大棚可用10%百菌清烟剂每亩300～350克熏烟，注意天气预报避免药害。发病初期可选用40%百菌清悬浮剂800倍液、60%多福可湿性粉剂800倍液、50%百菌清腈菌唑可湿性粉剂1000倍液、50%克菌丹可湿性粉剂500倍液、70%甲基托布津可湿性粉剂800倍液喷雾防治，7-10天防治1次，连续2-3次。结果后可喷洒75%百菌清可湿性粉剂600倍液、80%代森锰锌可湿性粉剂600倍液、12%松脂酸铜乳油500倍液、1:1:200波尔多液防治，视天气和病情每周喷1次，连续防治2次。