（1）农业防治：栽培抗病品种，通过合理的水肥管理等栽培技术措施，增强树势，提高树体抗逆能力，营造不利于病虫孳生蔓延的小气候。果园及时杂草和枯枝落叶，及时挖除番木瓜病毒病植株，减少病虫害传染源，抑制病虫害发生。合理轮作、密植，选用抗病品种。培育壮苗：要调节好苗床的温度和湿度，在苗子长到两叶一心时进行分苗，谨防苗子徒长。苗期喷施奥力克—霜贝尔500倍液，可防止苗期患病。轮作倒茬：番茄应实行与非茄科作物三年轮作制。加强田间管理：要实行高垄栽培，合理施肥，定植缓苗后要及时封垄，促进新根发生。温室内要控制好温度和湿度，加强通风透光管理。结果期要定期摘除下部病叶，深埋或烧毁，以减少传病的机会。
（2）物理防治：通过灯光诱杀、人工捕捉、果实套袋等措施防治病虫害。
（3）生物防治：采用助育和人工饲放天敌控制害虫，利用昆虫性外诱杀或干扰成虫交配。
（4）化学防治：根据病虫生物学特性和危害特点，选用生物源农药、低毒、低残留农药；加强病虫害的预测预报，做到有针对性的适时用药。