预防水稻恶苗病的种子处理方法有20%净种灵＋50%多菌灵浸种24小时，或使用百分之一石灰水浸种，在15—20度时浸泡3天，25度时浸泡两天，水层要高出种子10—15厘米。水稻浸种是预防水稻恶苗病最有效的措施之一，多年种植过水稻的农户都明白，水稻恶苗病以防为主，预防重点就是药剂浸种。浸种药剂主要是咪鲜胺水乳剂，浸种时用药量和用水量要根据使用说明，不要过量，浸种时间建议在60小时以上（和温度有较大关系，根据温度可适当调整）。除了浸种外，还有农户选择播前拌种，使用咪鲜胺、咯菌腈、苯醚甲环唑+咪鲜胺等悬浮种衣剂进行拌种，对于恶苗病也能起到一定的预防效果。
