黄瓜发苦的原因主要包括品种和栽培技术因素。首先，当气温或地温低于13摄氏度时，细胞渗透性降低，养分和水分吸收受到抑制，导致黄瓜易出现苦味。同样，大棚温度高于30摄氏度持续时间过长也会导致黄瓜发苦。其次，在湿度过大的环境中生长的黄瓜味道个别会苦。此外，黄瓜类植物在生长过程中容易产生变异株，苦味变异株结出的黄瓜大都是苦的。食用苦味瓜对正常人没有太大影响，但对部分身体抵抗力偏弱的食用者，可能会导致腹泻、恶心等症状。黄瓜发苦有毒素不可以吃。水分不足，肥料缺乏，特别是在定植后到根瓜采收前这段时间控水过狠，造成植株体内水分含量过低，液胞中果汁浓度大，相对的苦味素含量增高。光照不足时，植株的光合能力弱，光合产物少，导致植株营养不良、长势衰弱，容易使苦味素形成和积累。低温寡照时期，特别是连阴天下，黄瓜的根系生长发育不好，当根系受到损伤或活动受到障碍时，吸收的水分和养分少，致使瓜条生长缓慢，会在下部瓜中积累更多的苦味素。新鲜黄瓜发苦，其根本原因是黄瓜在其生长过程中受到不良的环境条件的影响而产生"苦味素"，导致黄瓜发苦。影响因素包括温度过高或过低、湿度过大、养分和水分吸收受到抑制、品种变异退化、光照不足、养分浓度过大、弱藤结出的黄瓜等易产生"苦味素"。
