赤霉病主要为害小麦穗部，导致穗腐。初期在小穗和颖片上出现水渍状褐斑，逐渐扩展至整个小穗，使其枯黄。潮湿环境下，小穗基部或颖片合缝处会长出粉红色霉状物。防治重点是在小麦扬花期前后预防穗腐，可使用戊唑醇、咪鲜胺等药剂。
小麦赤霉病可引发苗枯、穗腐、茎基腐、秆腐等多种症状，从幼苗到抽穗均可能受害，其中穗腐影响最为严重。苗腐由种子带菌或土壤中病残体侵染引起，表现为芽变褐、根冠腐烂，病苗黄瘦甚至死亡，枯死苗在潮湿条件下产生粉红色霉状物。典型症状为麦穗整穗或部分小穂枯黄，潮湿时病部出现粉红色胶状霉层，后期产生蓝黑色小突起，小麦籽粒瘦瘪，呈灰白或粉红色。