甜瓜根腐病属于真菌性土传病害，提前预防为主。防治方法包括：
1.农业防治：实行3年以上轮作，采用高畦栽培，认真平整土地，防止大水漫灌及雨后田间积水，苗期发病要及时松土，增强土壤透气性，降低土壤湿度，提高地温。
2.药剂防治：发病初期可喷洒或浇灌50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或45%特克多悬浮剂1000倍液，或25%敌力脱乳油1500倍液，或65%多果定可湿性粉剂1000倍液，每株浇灌药液150-300ml。对于已经发病的植株可以使用代森锰锌、甲霉灵等药剂灌根。
3.综合措施：选用抗、耐病品种，如甜研6号、3号、4号及范育1号、2号等。用种子重量0.3％的90％敌克松原粉或35％菲醌粉剂拌种。改进栽培措施，选择地下水位低、排水良好的平地种植。施足基肥，增施过磷酸钙、骨粉等。合理灌溉，小水轻浇。定植前蘸根，先蘸根后定植，可用剂适乐时1000倍液+普利登鱼蛋白300倍液蘸根；对当前正在发生根腐病的甜瓜棚，应减少浇水，连续灌根1~2次。