小麦全蚀病是典型的土传根部病害，病菌只侵染小麦的根部和茎基部，田间症状表现是黑根和白穗。其首次发病是由种子带菌进行远距离传播的，从第二年开始全蚀病病菌就随病株残体在土壤中越冬越夏，造成发病面积逐年扩大，发病程度越来越重。
防治该病，重在预防，一要选用无病种子。二要进行种子药剂拌种，拌种的药剂可用适乐时、戊唑醇、三唑酮等。三要增施有机肥，合理施用磷钾肥。四要在小麦拔节前用三唑酮喷淋小麦茎基部。小麦全蚀病防治，选用抗病品种，增施用酵素菌等沤制成的有机肥和磷钾肥，清除病残体，倒茬轮作，加强肥水管理，用硅噻菌胺等农药拌种，发病初期用笨醚甲环唑、多菌灵等农药混合液喷施防治。
种植管理。禁止从病区引种，防止病害蔓延。对怀疑带病种子用51—54℃温水浸种10分钟或用有效成分0.15托布津药液浸种10分钟。病区要严格控制种子外调，新的轻病区及时采取扑灭性措施，消灭发病中心，对地块实行三年以上的禁种。水旱轮作，病菌易失去生活力。粪肥必须高温发酵后施用。要多施基肥，发挥有机肥的防病作用。选用农艺性状好的耐病良种。轮作倒茬。实行稻麦轮作或与棉花、烟草、蔬菜等经济作物轮作，也可改种大豆、油菜、马铃薯等，可明显降低发病。种植耐病品种。如烟农15号、济南13号、济宁3号等。增施腐熟有机肥。提倡施用酵素菌沤制的堆肥，采用配方施肥技术，增加土壤根际微一态拮抗作用。药剂防治。小麦全蚀病防治，选用抗病品种，施用酵素菌沤制成的有机肥和磷钾肥，合理轮作，清除病残体，加强检疫，用硅噻菌胺等农药拌种，发病初期用笨醚甲环唑、多菌灵等农药混合液喷施防治效果好。
小麦全蚀病的防治方法是小麦全蚀病的防控，应以农业措施为基础，充分利用生化防控手段，切实保护无病区安全，科学管控感病区扩展蔓延。根据小麦全蚀病的发病规律和各地防病经验，要控制病害，必须做到保护无病区，封锁零星病区，采用综合防治措施，压低老病区病情。对怀疑带病种子用51—54℃温水浸种10分钟或用有效成分0.15托布津药液浸种10分钟。病区要严格控制种子外调。药剂防治提倡用种子重量0.2%的2%立克秀拌种,防效90%左右。严重地块用3%苯醚甲环唑悬浮种衣剂(华丹)80毫升。对发生点片的，可拔出病株焚毁处理，同时按每平方米50%多菌灵可湿性粉10克，对土壤进行药剂处理。对全田零星发生麦田，要划定区域，单机高茬收割，收割后拔除麦茬烧毁处理，并可在秋季播种时进行综合防治。