棉花枯黄萎病主要以防为主。防治措施包括控制田间湿度，注意防涝，及时定苗、拔除病苗，并在棉田外深埋或烧毁。发现病株时，在棉花生育期或收花后拔棉秆前，先清理病株周围的病残株，再翻松病株1米范围内的土壤进行消毒。可使用50%棉隆可湿性粉剂1409或棉隆原粉70g与土壤混拌均匀，浇水15～20L后封闭；或使用含氮16%农用氨水1份对水9份，每平方米病土浇灌药液45L，10～15天后散开土壤。在苗期发病高峰前，及时深中耕、勤中耕，追肥，2—3片真叶期根外喷施棉花专用植物生长调节剂-棉宝或1%尿素液，有助于提高棉苗抗病力。
