小麦赤霉病的防治方法主要包括选用抗菌品种、药剂拌种、农业防治和化学防治。在播种前，应选择抗病能力强的品种进行种植，并对种子和土壤进行消毒。根据病虫害发生时间，合理调整播种时间。
化学防治的关键时期是小麦扬花期，此时应进行喷药预防。若抽穗期遇到连阴雨，应尽早喷药。在10%小麦抽穗至扬花初期第一次喷药，间隔5—7天进行第二次用药。药剂应选择渗透性、耐雨水冲刷性和持效性较好的农药，如25%氰烯菌酯悬浮剂100～200毫升，或40%戊唑·咪鲜胺水乳剂20～25毫升，或28%烯肟·多菌灵可湿性粉剂50～95克，对水30～45公斤细雾喷施。视天气情况、品种特性和生育期早晚再隔7天左右喷第二次药，注意交替轮换用药。
此外，还可以在小麦抽穗后扬花5-10%进行喷药预防，选用氰烯菌酯、氰烯.己唑醇、戊唑.多菌灵、多菌灵、甲基托布津、甲基硫菌灵、咪鲜.多菌灵、多.铜喷雾防治，间隔5-7天齐穗期再防治一次。在出现病情后，可以使用三唑酮、福美双、井冈霉素、氟环唑等药剂进行喷雾防治，并同时加强田间管理，提高植株抗病力。
农业防治措施包括清除作物秸秆等病残体或冬前耕翻将病残体深埋，以减少田间初侵染菌源数量；适时播种，合理施肥，降低田间湿度，防止渍害。在齐穗扬花期用50%多菌灵，或70%甲基托布津可湿性粉剂800－1200倍液喷雾，每亩100千克，可以有效地防止病害流行，一般用药1－2次。用多福合剂（含25%多菌灵、15%福美双）500倍液喷雾，可以兼治散黑穗病；用40%灭菌丹可湿性粉剂200－300倍液喷雾，可以兼治麦类秆锈病；用禾枯宁可湿性粉剂不仅可以有效地防治赤霉病，还可兼治白粉病等病害。在喷洒杀菌剂时加入600－800倍的粮食专用型天达2116可显著提高防病效果，提高作物抗逆能力和产量。