辣椒病毒病最常见的有两种类型，其一为斑驳花叶型，所占比例较大，这一类型的植株矮化，叶片呈黄绿相间的斑驳花叶，叶脉上有时有褐色坏死斑点，主茎和枝条上有褐色坏死条斑。植株顶叶小，中、下部叶片易脱落。其二为黄化枯斑型，所占比例较小，植株矮化，叶片褪绿，呈黄绿色、白绿色甚至白化。植株顶叶变小，狭长，中、下部叶片上常生有褐色坏死环状斑，有时病斑部开裂，病叶极易脱落。后期腋芽抽生丛簇状细小分枝。
辣椒病毒病又叫辣椒花叶病，常见的症状有四种：花叶、黄化、坏死和畸形。花叶是辣椒植株上出现最早、最普遍的症状，主要表现为病叶出现浓绿和淡绿相间的斑驳。根据严重程度不同，花叶又分为轻花叶和重花叶。轻花叶叶片基本平整，重花叶叶片上有泡状斑、皱缩，叶面常常凹凸不平。黄化常常表现在心叶、嫩叶明显变黄，有时整株或局部也有较多黄叶，出现落叶现象。坏死是指病株部分组织变褐坏死，出现条斑、顶枯、坏死斑驳及环斑等，引起大量落叶、落花、落果。畸形即病株变形，如叶片呈线条状，或植株矮小，分枝极多呈丛枝状、不结果或少结果。
辣椒病毒病主要有花叶型、畸形、坏死型、条斑型。其中坏死型发病急，传播速度快，会引起三落，导致整株辣椒干枯。条斑型一般发生在果实后期，发病初期果实上半部出现褐色条斑、凹陷，变黄。畸形的话会造成叶片畸形向上卷曲或丛簇状。花叶型会使得叶片、果实出现黄绿相间或浓淡绿斑驳等问题。
辣椒病毒病辣（甜）椒病毒病主要有两种类型，一种是花叶坏死型，病叶呈现明显的浓绿与浅绿或黄绿相间的花叶症状，部分品种叶片出现坏死斑，引起落叶、落花、落果，严重时整株死亡。另一种为叶片畸形和丛簇形，发病期间叶片褪绿，出现斑驳、花叶、叶片皱缩，凸凹不平，变小、变窄，呈线状，茎节间缩短，有时叶片丛生呈簇状，植株矮化，果实现深绿与浅绿相间的花斑，果小，变畸形，易落花、落果、落叶。