选择抗（耐）病品种，合理排水，湿地要开沟排水。收获后，深耕减少菌源。及时播种，避免扬花期下雨。提倡施用酵素菌堆制的堆肥，采用处方施肥技术，及时施肥，避免施用氮肥，提高植物的抗病能力。播种前进行石灰水浸种，也可以用药剂防治，可以用增产菌混合种子，也可以在小麦扬花期预防穗腐。护叶防病，锈病、赤霉病、白粉病发生后及时喷药防治，此外可喷施802助壮素、植物抗逆增产剂、迦姆丰收液肥、惠满丰、促丰宝、万家宝等。也可喷洒植物动200310ml对清水10L，隔7～10天1次，连续喷2次。提倡施用多得稀土纯营养剂，每50g对清水20～30L喷施，效果好。
小麦赤霉病防治可以选用耐病品种种植，如苏麦3号、苏麦2号等；也可以在播种前用增产菌剂拌种，晾干后再播种；还可以在扬花初期，每亩用25%氰烯菌酯悬浮剂100-200毫升，或者40%戊唑·咪鲜胺水乳剂20-25毫升进行喷雾防治，每隔7天交替用药1次。选用抗病品种；清除作物秸秆等病残体或冬前耕翻将病残体深埋，以减少田间初侵染菌源数量；适时播种，合理施肥，降低田间湿度，防止渍害。在齐穗扬花期用50%多菌灵，或70%甲基托布津可湿性粉剂800－1200倍液喷雾，每亩100千克，可以有效地防止病害流行，一般用药1－2次。用多福合剂（含25%多菌灵、15%福美双）500倍液喷雾，可以兼治散黑穗病；用40%灭菌丹可湿性粉剂200－300倍液喷雾，可以兼治麦类秆锈病；用禾枯宁可湿性粉剂不仅可以有效地防治赤霉病，还可兼治白粉病等病害。在喷洒杀菌剂时加入600－800倍的粮食专用型天达2116可显著提高防病效果，提高作物抗逆能力和产量。
小麦赤霉病，扬花期染病，灌浆期见病，一旦发生，很难防治。防治小麦赤霉病，预防为主，要掌握两点，一是时间上，二是药剂。在小麦抽穗后扬花5-10%进行喷药预防，这几年提倡见花就打的防治措施。用氰烯菌酯、氰烯.己唑醇、戊唑.多菌灵、多菌灵、甲基托布津、甲基硫菌灵、咪鲜.多菌灵、多.铜喷雾防治，间隔5-7天齐穗期再防治一次。农业防治。选用抗病、耐病品种。适时早播，播种，避开扬花期遇雨。合理施肥，增施底肥，氮磷配合，追肥早施、少施，提高植株抗病力。雨后及时排水，降低田间湿度。深耕灭茬，秸秆过腹还田或堆沤后施用。小麦播种前，清除田间农作物残体，减少菌源。种子处理。用种子质量0.2%的50%多菌灵可湿性粉剂浸种30分钟，晾干后播种。田间喷药。最佳施药时间是扬花期，应于扬花10%～50%时施药。药剂可选用50%多菌灵可湿性粉剂800倍液，或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液。
小麦赤霉病的防治关键就是要抓好抽穗杨花期的喷药预防，并且要掌握好用药的方法，在喷药时要着重对准小麦穗部的均匀喷雾，如果遇上喷药后下雨，还需要进行雨后的补喷。还有在选用抗病、耐病的品种，尽量早播种，避开扬花期遇到下雨的天气。合理的施肥，增加施肥，要氮磷配合。在下雨后要及时排水，降低田间的湿度。还有在小麦播种之前，清除掉田间农作物的残留物，以此来减少细菌的来源。小麦赤霉病的防治关键是抓好抽穗杨花期的喷药预防。一是掌握好防治时期，若抽穗期遇到连阴雨，有流行可能时，喷药时间宁早勿晚，在10%小麦抽穗至扬花初期第一次喷药，间隔5—7天，第二次用药。二是选用优质防治药剂。每亩用50%多菌灵可湿性粉剂100克或70%甲基托布津可湿性粉剂50—75克加水50千克或稀唑醇（禾果利）50克加水30千克喷雾。三是掌握好用药方法，喷药时要重点对准小麦穗部均匀喷雾，如遇喷药后下雨，则需雨后补喷。增施肥料对湿害较重的麦田，做到早施巧施接力肥，重施拔节孕穗肥，以肥促苗升级。冬季多增施热性有机肥，如渣草肥、猪粪、牛粪、草木灰、沟杂马、人粪尿等。化肥多施磷钾肥，利于根系发育、壮秆，减少受害。搂锄松土散湿提温。增强土壤通透性，促进根系发育，增加分蘖，培育壮苗。