病原菌遗留在土中或混杂在种子中越冬或越夏。混在种子中的病原菌随播种进入田间，遗留在土中的病原菌（菌核）在适宜条件下萌发产出子囊盘，放散出子囊孢子，随风吹到衰弱植株伤口上，进行初侵染。病部长出的菌丝扩展到邻近植株或通过病健株直接接触进行再侵染，引起发病，并以这种方式进行重复侵染。香菜菌核病由子囊菌亚门核盘菌属的核盘菌侵染所致。病菌以菌核在土壤中或混在种子中越冬，成为第二年初侵染源。翌年条件适宜时，菌核萌发产生子囊盘，弹射出子囊孢子，借气流传播，侵入寄主发病后，通过菌丝在田间进行再侵染。田间还可通过染有菌核病的杂草传播到香菜上，反复侵染，后来条件恶化时，病菌又形成菌核进行越冬。
