高粱丝黑穗病菌主要以厚垣孢子在土壤中越冬，部分混入粪肥或粘附在种子表面也能成为翌年的初侵染源。厚垣孢子通过风、雨水和农事操作传播，在播种期萌发并侵入高粱幼苗。从种子发芽至芽长1.5厘米以前为病菌有效侵染期，侵染后病菌随生长点扩展，造成穗部系统性发病。
厚垣孢子在12～36℃条件下均能萌发，20～25℃为侵染适温。适合高粱种子发芽的环境条件与病菌侵染条件基本一致。播种过早或土温偏低会延长高粱从发芽到出苗的时间，增加病菌侵染机会，发病较重。为减轻病害，建议秋季施足有机肥培肥地力，并在开花前施用氮磷钾复合肥。