水稻颖枯病的防治方法主要有选用无病种子，对种子进行消毒；带病秕谷用于高温沤制堆肥；合理施肥，采用配方施肥技术，改造冷水田；抽穗期结合防治穗瘟喷药保护。具体措施包括：
1.种子处理：播种前种子要进行消毒。用2%的福尔马林浸种2-3小时，用1%的硫酸铜浸种1-2小时，或用56°C温水浸种5分钟。
2.农业防治：选用无病种子，不用带病稻谷作种子；带病秕谷用于高温沤制堆肥。合理施肥，采用配方施肥技术，改造冷水田。
3.药剂防治：在始穗到齐穗期各喷1次，重病区在乳熟到蜡熟期再喷1次。可使用恶唑菌酮、嘧菌酯、羟菌唑等农药，或在幼穗分化末期喷施防治细菌性病害的农药。