小麦赤霉病的传播主要有3种途径：种子传播、田间患病的残株以及路边的杂草。感染过赤霉病的地块不能再留种，因为病菌会在种子中生存，当带病的种子再次播种后，就会继续出现赤霉病。此外，小麦收获后，一些病残体掉落在田间，病菌会在这些病残体上越夏，为下茬作物提供腐生生活的场所，继续危害小麦。同时，杂草也是赤霉病病菌藏匿的场所，在杂草中越冬、越夏，等到来年小麦播种后，随着风雨进行传播，危害小麦。子囊孢子成熟正值小麦扬花期，借气流、风雨传播，溅落在花器凋萎的花药上萌发，先营腐生生活，然后侵染小穗，几天后产生大量粉红色霉层（病菌分生孢子）。
