无花果锈病主要危害叶片、幼果及嫩枝。发病初期，叶片正面出现1毫米大小的黄绿色小斑点，逐渐扩大成0.5到1厘米的橙黄色圆形病斑，边缘红色。叶片背面隆起，生出许多黄色毛状物，内含大量果锈病孢子。嫩枝受害后，病部橙黄色隆起，呈纺锤形。幼果发病后表面发生圆形病斑，由黄色变褐色，上生土黄色毛状物，病果局部生长停滞，多成畸形。
严重时，病斑融合成斑块，造成叶片卷缩、焦枯或脱落。果锈一般在果实胴部发生，也有发生在梗洼称为梗锈。锈病主要危害叶片，叶片背面出现土黄色小斑点，随着病害发展，病斑数量增多。叶片背面出现黄色、橙色夏孢子群，严重影响叶片光合作用，最后导致植株死亡。
受害叶片常在叶背呈现许多红褐色多角形斑点，随后在病斑中散放出锈黄色粉状物，即病菌的夏孢子。发病严重时，常使叶背粘满黄粉，最终病叶干燥早落。