褐纹病的病原主要以菌丝体或分生孢子器在土表的病残体上越冬，同时也可以菌丝体潜伏在种皮内部或以分生孢子粘附在种子表面越冬。病菌的成熟分生孢子器在潮湿条件下可产生大量分生孢子，分生孢子萌发后可直接穿透寄主表皮侵入，也能通过伤口侵染。病苗及茎基溃疡上产生的分生孢子为当年再侵染的主要菌源，然后经反复多次的再侵染，造成叶片、茎秆的上部以及果实大量发病。分生孢子在田间主要通过风雨、昆虫以及人工操作传播。病菌可在12天内入侵寄主，其潜育期在幼苗期为3~5天，成株期则为7天。
种植密度大、通风透光不好，发病重，氮肥施用太多，生长过嫩，抗性降低易发病。土壤黏重、偏酸；多年重茬，田间病残体多；氮肥施用太多，生长过嫩；肥力不足、耕作粗放、杂草从生的田块，植株抗性降低，发病重。肥料未充分腐熟、有机肥带菌或肥料中混有本科作物病残体的易发病。大棚栽培的，往往为了保温而不放风、排湿、引起湿度过大的易发病。阴雨天或清晨露水未干时整枝，或虫伤多，病菌从伤口侵入，易发病。地势低洼积水、排水不良、土壤潮湿易发病，高温、高湿、连阴雨、日照不足易发病。