要防治芹菜斑枯病，应实施轮作，将种子消毒后播种，种植中加强通风、降湿以及排湿的工作，并选用百菌清烟剂或者百菌清粉尘剂进行烟雾或喷雾防治，也可以选用嘧菌酯百菌清水剂兑水喷施进行防治。
1、选用无病种子从无病植株上采种。也可使用2年以上的陈种，有一定防病效果。
2、种子消毒如果使用贮存不足1年的新种子，必须进行种子消毒，消毒时可用48-49℃的温水浸种30分钟，浸种时要不断搅拌，浸后立即投入冷水中降温，然后晾干播种或催芽播种。此法浸种后发芽率约降低10%。
3、消除田间病残体病地进行2-3年的轮作。发病初期摘除病叶。田间病残体要集中沤肥或深埋。
4、药剂防治芹菜苗高2-3厘米时，就应开始喷药保护，以后每隔7-10天喷药一次。药剂可选用:75百菌清可湿性粉剂500-800倍液，65%代森锌可湿性粉剂500倍液;50%代森铵1000倍液;1:0.5:200的波尔多液。
首先要进行种子处理，其次是土壤处理，应实施轮作。用化肥改良土壤适合芹菜生长和注意芹菜病毒病的防治。喷药防治：在发病初期开始喷药，以后每隔7-10天喷一次药，连喷2-3次。药剂可选用75%百菌清可湿性粉剂600倍液、40%福星乳油8000倍液、70%代森联干悬浮剂600倍液、64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液、50%烯酰吗啉可湿性粉剂2500倍液、80%代森锰锌可湿性粉剂600倍液等。如果棚内湿度较大或阴雨天气，可采取熏烟或喷粉防治，效果更佳。每亩可用45%百菌清烟剂250克、扑海因烟剂150克、15%杀毒矾烟剂300克、15%扑霉灵烟剂300克等，分散5-6处点燃熏棚，熏蒸一夜，10天熏一次；也可每亩喷5%百菌清粉尘剂1千克或5%杀毒矾粉尘剂1千克。