黄瓜菌核病是由核盘菌引起的病害，主要危害茎基部和果实，也能危害茎蔓和叶。病菌以菌核在土壤中和病株残余组织内及混杂在种子中越冬或越夏。菌核一般可存活2年左右。在环境条件适宜时，菌核萌发产生子囊盘，子囊盘散放出的子囊孢子借气流传播蔓延，侵染衰老叶片或未脱落的花瓣，穿过角质层直接侵入，引起初次侵染。侵入后病菌破坏寄主的细胞和组织，扩散和破坏邻近未被病原物侵染的组织，并通过病健株间的接触，进行重复侵染。病叶与健叶或茎杆接触，带病花瓣落在健叶上，病菌就可以扩展而使健全的茎叶发病。
黄瓜菌核病在黄瓜的苗期至成株期均可发生，秋季至翌年春季发病重，一般情况下损失10-30%，严重时可达90%以上，是保护地栽培黄瓜的重要病害。低温、高湿的环境，有利于发展。温度15～20℃，相对湿度85%以上，利于菌核萌发和菌丝生长、侵入和子囊盘的产生。因此，低温、高湿，早春多风年份，连茬种植、排水不良和氮肥过多的地块发病严重。
黄瓜菌核病的传播途径是：随种子远距离传播。黄瓜菌核病可以通过雨水灌溉水以及气流进行传播。