韭菜主要病虫害包括灰霉病、锈病、韭蛆、蓟马和潜叶蝇等。灰霉病主要危害叶片，可采用噻菌灵烟剂或灭霉灵粉尘剂进行烟熏防治；韭蛆主要危害根茎，可采用菊马乳油或辛硫磷乳油进行喷施防治。此外，韭菜还可能受到疫病、菌核病、根腐病和蛆虫等病虫害的影响。
