辣椒疫病在苗期和成株期均可发生，主要危害茎、叶和果实。苗期发病时，茎基部出现暗绿色水浸状病斑，随后扩展成暗褐色或黑褐色条斑，病部缢缩，导致幼苗折倒、枯死。湿度大时，病茎及附近地面可见白色霉状物，即病菌的孢囊梗和孢子囊。
成株期发病时，叶片、枝杈、茎和果实均可受害。叶片病斑呈近圆形，中央暗褐色，边缘黄绿色。果实发病多从蒂部或果缝处开始，初为暗绿色水浸状不规则形病斑，迅速扩展至整个果实，呈灰绿色，果肉软腐，湿度大时表面生有白色霉层，干燥后形成暗褐色僵果挂在枝上。枝杈和茎部发病，病斑呈环绕状褐色条斑，茎基部受害尤为严重，病斑初为水浸状，后扩展为褐色或黑色条斑，病部明显缢缩，导致植株迅速凋萎、死亡。
辣椒疫病是一种毁灭性病害，尤其在茎基部发病时，常造成植株枯死，严重影响辣椒产量。