小麦白粉病主要发生于叶片上，也可发生于植株叶鞘、茎秆和穗部。一般叶正面病斑较叶背面多，下部叶片较上部叶片病害重。病部表面附层白粉状霉层，病部最先出现白色丝状霉斑，逐渐扩大并相互联合，呈长椭圆形较大的霉斑，严重时可覆盖叶片大部，甚至全部，霉层厚度可达2毫米左右，并逐渐呈粉状。后期霉层逐渐由白色变为灰色，上生黑色颗粒。叶早期变黄，卷曲枯死，重病株常常矮缩不能抽穗。
小麦白粉病危害主要特征是对各器官进行危害，主要是茎杆叶片出现白色斑点，慢慢变大变多，后期变成白色粉状，叶片茎杆失去活力，影响产量和品质。小麦白粉病在苗期至成株期均可为害。主要为害叶片，严重时也可为害叶鞘、茎秆和穗部。病部初产生黄色小点，而后逐渐扩大为圆形或椭圆形的病斑，表面生一层白粉状霉层（分生孢子），霉层以后逐渐变为灰白色，最后变为浅褐色，其上生有许多黑色小点（闭囊壳）。病斑多时可愈合成片，并导致叶片发黄枯死。茎和叶鞘受害后，植株易倒伏。重病株通常矮缩不抽穗。抗病品种可看到枯斑反应，霉层很小很少，或只有枯斑枯点而无霉层。发病严重时植株矮小细弱，穗小粒少，千粒重明显下降，严重影响产量。
小麦白粉病可以侵犯小麦植物地上部的各个器官，但是以叶片和叶鞘为主，发病重时颖壳和芒也会受到损害。第一次发病时，叶面出现1~2毫米的白色霉点，然后逐渐扩大到接近圆形到椭圆形的白色霉斑。霉斑表面有一层白粉，有外力和振动就会飞散，这些粉状物是该菌的菌丝体和分生孢子。后期病部霉菌层为灰白色至浅褐色，病斑上散发针头大小的小黑粒点，即病原菌的闭囊壳。病部最初出现白色霉点，以后逐渐扩大成白色霉斑，病斑近圆形或长椭圆形，发病重时病斑连成一片，形成一大片白色至灰色的霉层。一般叶片正面的病斑比叶片背面的多，下部叶片比上部叶片被害重。发病最重时，整个植株从下到上均为灰白色的霉层覆盖。发病初期叶片出现白色霉点，逐渐扩大成圆形或椭圆形的病斑，上面长出白粉状的霉层（分生孢子），后变成灰白色至淡褐色，后期在霉层中散生黑色小粒（子囊壳），最后病叶逐渐变黄褐色而枯死。