芹菜的常见病害有软腐病、病毒病、早疫病、菌核病等。芹菜有早疫病、斑枯病、叶枯病、软腐病、菌核病、蚜虫、夜蛾、菜青虫等病虫害。芹菜早疫病在苗期到成株期均可发生，主要危害叶片，叶柄和茎也可染病。染病初期产生黄绿色水渍状斑点，后发展为圆形、椭圆形、或不规则形灰褐色斑，稍凹陷。高温、高湿、多露发病重。芹菜菌核病全生育期均可发病，危害芹菜茎和叶柄。从茎或叶柄基部开始出现褐色水渍状软腐，湿度大时病部生有棉絮状白色菌丝，病组织逐渐腐烂，无异味，后期形成黑色鼠粪状菌核。棚内低温、通风不良、湿度大、种植过密都易于发病。
