病菌除在病残体上越夏外，还在水稻、玉米、棉花等多种作物病残体中营腐生生活越冬。翌年在这些病残体上形成的子囊壳是主要侵染源。子囊孢子成熟正值小麦扬花期。借气流、风雨传播，溅落在花器凋萎的花药上萌发，先营腐生生活，然后侵染小穗，几天后产生大量粉红色霉层（病菌分生孢子）。在开花至盛花期侵染率最高。穗腐形成的分生孢子对本田再侵染作用不大，但对邻近晚麦侵染作用较大。该菌还能以菌丝体在病种子内越夏越冬。
小麦赤霉病的传播主要有3种。一、是种子传播，感染过赤霉病的地块，不能再留种，病菌会在种子中生存，当带病的种子再次播种后，就会继续出现赤霉病。二、是田间患病的残株，比如该地块已感染赤霉病，在小麦收获后，一些病残体掉落在田间，病菌就会在这些病残体上越夏，等到下茬作物播种后，会提供腐生生活的场所，随后小麦再播种后，继续危害。三、是路边的杂草，杂草也是赤霉病病菌藏匿的场所，在杂草中越冬、越夏，等到来年小麦播种后，随着风雨进行传播，危害小麦。
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