冬瓜的保质期主要取决于存储环境。在适宜的温度10℃~15℃和相对湿度70%~75%的条件下，可保存数月。若直接放入冰箱，则只能保存3天左右。采收时应轻拿轻放，确保完全成熟后采收。注意，出现变色、变软或闻着有酸味的冬瓜应避免食用。
